Publication: Influencia de la linealización de la ecuación de Poisson-Boltzmann para la estimación del potencial electroestático y la energía de solvatación
Date
2023-09
Authors
Vega Lagos, Byron Alexander
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
La energía de solvatación y el potencial electrostático, son medidas que nos permite
entender las interacciones moleculares de una proteína y un medio. Dada la importancia
que toma en investigación se requiere ser lo suficientemente minucioso con la forma y las
suposiciones que se tomen al momento de entregar resultados.
A lo largo de esta memoria de investigación hemos realizado una serie de ensayos sobre
distintas moléculas con variadas características, todo con el objetivo de responder cuál es el
efecto sobre el potencial tras linealizar la ecuación de Poisson Boltzmann. En consideración
de aquello se realizó un minucioso análisis de sensibilidad para cada una de las moléculas
presentadas en el estudio, donde se definió que una distancia media de 20 [A] permite
asegurar las condiciones de Dirichlet en el contorno.
Las moléculas analizadas las separamos en 3 baterías inicialmente, diferenciadas por su nivel
de carga. La primera de ellas, denominada altamente cargada, contiene moléculas como la
9ANT, 280D, 437D y 1KX5 de donde concluimos cosas como que el comportamiento del
error debido a la diferencia de potencial calculado de la linealización y la no linealización,
se acentúa en el interfaz y en zonas relativamente cóncavas a comparación de la proteína,
es decir, con cierto grado de cobertura por parte de la molécula. Otro factor de interés es
que el error se acentúa mucho más en este tipo de batería de moléculas, pues al compararla
con moléculas de menor carga o con ciertas propiedades hidrófobas, es decir que en su
composición molecular existan cadenas de lípidos, estos presentan un orden de magnitud
mucho mayor en el error, tomando importancia para la investigación el refinado de la
malla.
Description
Keywords
POISSON-BOLTZMANN , DIFERENCIAS FINITAS , POTENCIAL ELECTROESTÁTICO