Thesis DESARROLLO DE UN PROTOCOLO DE ANÁLISIS PARA VERIFICAR PATRONES DE COEXISTENCIA Y CO-ABUNDANCIA ENTRE ESPECIES VIRALES Y BACTERIANAS EN MUESTRAS METAGENOMICAS DE AMBIENTES ACUÁTICOS
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Date
2020-08
Authors
ESCAR SALINAS, RODRIGO ALEJANDRO
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Abstract
Los virus son los organismos mas abundantes y ubicuos en el planeta. Virus que
infectan bacterias son llamados bacteriófagos y son fundamentales en el desarrollo
de los ecosistemas que sustentan la vida. El conocimiento sobre los bacteriófagos
esta limitado por la dificultad del cultivo de estos en condiciones de laboratorio. Se
presenta un protocolo estructurado para hacer uso de diversas herramientas basadas
en metagenomica para facilitar el estudio de bacteriófagos en el medio ambiente,
consistentes en determinación de presencia de organismos en metagenomas a través
de la asignación de unidades taxonómicas operativas (OTU) y la confirmación de
relaciones de coexistencias usando variaciones del coeficiente de Jaccard. Se valida
un desempeño minimamente suficiente de las herramientas listando la ausencia de
información sobre bacteriófagos y sesgo de las bases de datos de referencia como
principal causa en los problemas de entrenamiento y validación de las herramientas.
Se presenta un análisis de metagenomas de ambientes agua dulce usando el protocolo
presentado, limitado a grupos taxonómicos de interés.
Description
Keywords
BIOINFORMATICA , METAGENOMA , REDES
