HERRAMIENTA BIOINFORMÁTICA DE APOYO AL ESTUDIO COMPARATIVO DE REDES METABÓLICAS

Abstract

En el presente trabajo se hizo una revisión sobre el análisis gráfico de redesmetabólicas, para concluir con el diseño e implementación de Sankhplotter, unaherramienta Web de apoyo a su análisis comparativo.Sankhplotter permite al investigador graficar redes metabólicas con unatopología no tradicional, basándose en un sistema de templates. Estos templatesrepresentan una estructura cartesiana en la que se incluyen: los detalles de cadacompuesto, su posición en el plano, y el detalle de los ejes coordenados.Incluidos vienen mapas de 4032 organismos, generados automáticamente apartir de información obtenida desde la base de datos de KEGG. Estos mapas puedencargarse unos sobre otros, destacándose automáticamente las vías metabólicascompartidas. A su vez, el usuario puede seleccionar y guardar las vías que considereinteresantes, y exportarlas a PNG.

In this thesis a quick review on graphical analysis of metabolic networks wasmade, followed by the design and implementation of Sankhplotter, a Web based toolaimed to aid the process of comparative analysis of metabolic networks.Sankhplotter allows the researcher to plot metabolic networks with a nontraditionalapproach, based on a templates system. These templates represent aCartesian structure that includes: details of every compound, its position on the chart,and the details about the axes.Included are 4032 maps of organisms, generated automatically with datagathered from the KEGG database. These maps can be loaded one over the other,highlighting the common pathways. At the same time, the user can pick and save thepathways he considers interesting, and export them to PNG.