Heurísticas para la generación de fármacos usando diseño de drogas basado en fragmentos y linkers

Abstract

Los modelos computacionales actuales facilitan simular la interacción entre macromoléculas y un fármaco (ligando), posibilitando la predicción de la actividad química resultante de esta interacción. En este trabajo se proponen dos acercamientos heurísticos para la resolución del problema de generación de nuevos ligandos para la proteína objetivo Hsp90, utilizando la descomposición de inhibidores conocidos, en base a la metodología Diseño de drogas basado en fragmentos. Se incorporan a las estructuras, nuevos fragmentos linkers, con el fin de mejorar las relaciones químicas entre los fragmentos, y así contar con conformaciones capaces de inhibir el actuar de la proteína.The current computational models facilitate simulating the interaction between macromolecules and a drug (ligand), enabling the prediction of the resulting chemical activity from this interaction. In this work, two heuristic approaches are proposed to solve the problem of generating new ligands for the target protein Hsp90, using the decomposition of known inhibitors based on the Fragment-Based Drug Design methodology. New linkers fragments are incorporated into the structures to enhance the chemical relationships between the fragments, thus providing conformations capable of inhibiting the protein’s function.