Diseño, implemetació y evaluación de ua herramienta bioinformática de apoyo a la recostrucción de vías metabólicas en bacterias

Abstract

En el presente trabajo se diseñó e implementó Phylogist, una herramienta Web destinada a apoyar el proceso de reconstrucción de vías metabólicas en bacterias mediante la creación de un flujo de trabajo, en el cual se reúnen tanto las fuentes de datos externas como aplicaciones necesarias para efectuar el proceso. Ya que la principal motivación para el desarrollo de Phylogist fue mejorar la eficiencia y la satisfacción de los investigadores, se realizó un experimento destinado a medir sus diferencias con el proceso “manual” de reconstrucción de vías metabólicas utilizado actualmente. Los resultados de este experimento dan cuenta de una disminución significativa de los tiempos involucrados en el proceso para la búsqueda e identificación de vías, tanto existentes como inexistentes. Además, se aprecian mejoras en la satisfacción subjetiva de los participantes del experimento con respecto a las herramientas utilizadas en el método “manual”, presentándose algunas diferencias en función de su nivel de experiencia en el campo de la biotecnología.The present thesis describes the design and the implementation of Phylogist, a Web application designed to support the process of metabolic pathways reconstruction in bacterias by creating a workflow, which interacts with external data sources and applications required to perform the entire process. Since the main motivation for the development of Phylogist was to improve the efficiency and satisfaction of researchers, an experiment was performed to measure the differences with the actual “manual” process of metabolic pathways reconstruction. The results of this experiment show significant decrease of the time involved in search and identification of existing pathways as well as nonexistent ones. Also it was possible to appreciate improvements of subjective satisfaction of the use of Phylogist comparing the tools used in “manual” method, though showing some differences according to the level of the expertise in the field of biotechnology.