Browsing by Subject "1AJF (molécula ensayada)"
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Thesis Evaluación del uso del modelo solvation-layer interface condition (SLIC) para emular la respuesta no lineal de la ecuación de Poisson-Boltzmann(Universidad Técnica Federico Santa María, 2025-07) Cáceres Abarca, Nicolás Eduardo; Zambrano Rodríguez, Harvey Alexander; Departamento de Ingeniería Mecánica; Cooper Villagrán, ChristopherEl llamado método de elementos de frontera (boundary element methods, BEM), es una técnica de resolución numérica, la cuál puede implementarse para resolver la ecuación de Poisson-Boltzmann (está se linealiza) en el contexto de la electrostática biomolecular. En este trabajo, se ha seguido esa línea de investigación, en específico, se ha evaluado una extensión llamada SLIC (solvation layer interface condition). El fin original de está extensión es la simulación de hidratación asimétrica presente en las moléculas del agua producto de la diferencia de tamaño entre los átomos de oxígenos e hidrógenos. Además de existir un fenómeno de cargas enterradas, dentro del soluto, que hace que exista un campo potencial estático distinto de cero, esto crea una diferencia en los resultados obtenidos, que depende del signo de la carga de cada átomo. Este modelo posteriormente considero el apantallamiento eléctrico (ionic screening). Se formula la hipótesis de que esté modelo también pueda emular correctamente los casos en que la ecuación de Poisson-Boltzmann linealizada cae ante los efectos no lineales, producto de su propia naturaleza. Por lo que en el presente trabajo se evaluaron casos en que se cumple está condición. estos fueron el ensayo de la molécula llamada Ubiquitina, la cuál mostró resultados de mejora poco convincentes, mejorando levemente el resultado. Mientras que la otra molécula ensayada, es la llamada 1AJF, se pudo lograr un mejor resultado (desde lo que se le evaluó a está molécula). Además, gracias al estudio de estas dos biomoléculas, se ha podido encontrar el origen del comportamiento que explica los resultados en ambos casos, por lo que de esa idea, se propone un posible trabajo futuro.
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